Helgenomsekvensering för studier av virus som en del av handens mikrob

Bakgrund

Det har länge varit känt att den mänskliga kroppen koloniseras av en diversifierad mikrobiota bestående av bakterier, Arkéer och svampar. Att virus också ingår i denna för vår hälsa mycket viktiga mikrobiota har först nyligen uppmärksammats. Publicerade studier visar dessutom att vissa fysiologiska effekter som tidigare tillskrivits koloniserande bakterier istället härröra direkt ifrån replikerande virus.

Sammantaget tycks det föreligger ett komplext samspel mellan olika virus och mikroorganismerna på vår hud vid uppbyggandet och bibehållandet av vår mikrobiota, vilken i sin tur spelar en avgörande roll vid både god hälsa och sjukdom. Därför bör hygienprodukter för professionellt och privat bruk utformas så att sjukdomsframkallande virus, bakterier och svampar elimineras samtidigt som påverkan på mikrobiotans sammansättning begränsas.

Utmaning

Användandet av kvantitativ PCR och storskalig sekvensering har under de senaste tio åren revolutionerat vår förståelse av både enstaka patogena bakteriers spridningsvägar och de samhällen av mikroorganismer i vilka de ingår. Innovationsgraden inom detta område har varit hög och den kunskap och teknik som utvecklats används nu framgångsrikt inom både läkemedels- och livsmedelsindustrin. I jämförelse med bakteriologin har utvecklingen av vår förståelse för virus och hur de interagerar med vår kropp varit mer beskedlig under samma tidsperiod. Till följd av ett antal större satsningar och nyliga tekniska innovationer spås utvecklingen och innovationsgraden inom virologin dock öka kraftigt under de kommande åren.

Mål

Den primära målsättningen för projektet var att utveckla och anpassa PCR-teknik och helgenomsekvensering för kartläggning och kvantifiering av virus och mikroorganismer på händer, ytor och mjuka material. Därtill kartlades och kvantifierades den totala mikrobiotan på händerna före och efter applikation av två olika handtvätts-/desinfektionsmetoder på försökspersoner.